Das Karstgebiet ist vor 230 Millionen Jahren in der Triasperiode im Kalkgestein entstanden. Vor 1,5 – 2 Millionen Jahren sind die Höhlen dann durch Erosion und Wasserlöslichkeit des Kalks ausgeformt worden.

Durch die Kalkausfällungen des tropfenden Wassers sind Sintergebilde (Sinter sind Ablagerungen), Tropfsteinsäulen, Stalaktiten, Stalagmiten, Sinterfahnen und Sinterabflüsse von verschiedenen Farben und Formen entstanden. Das fließende Wasser des Styx und auch des Baches Baradla hat Sinterbecken gebildet, die von zackigen Sinterwällen umrahmt werden. Stellenweise sind Kalkspatkristalle an den Wänden zu beobachten. Reine Kalksteinformationen sind weiß-

Die rotbraune Farbe stammt von Eisenoxid und die neben den Lampen sichtbaren Moose und Algen sind grün. Die schwarze Farbe deutet auf Rußverschmutzung hin und stammt von den Fackeln der Besucher aus früheren Zeiten.

 
In der Höhle sind auch viele umgefallene und verstümmelte Tropfsteingebilde zu sehen, denen man Phantasienamen gab. Einen Teil der Schäden haben die Besucher verursacht. Früher war es nämlich möglich, Tropfsteingebilde als Souvenir mitzunehmen. An der Decke sind kuriose Formationen, so genannte Heliktiten, zu beobachten. Heliktit ist die erste Phase des Entstehungsprozesses der Tropfsteingebilde. Wasser fließt dabei im Inneren der kleinen Röhrchen. Schlote funktionieren in der Höhle als Wetterlöcher. Im Gegensatz zum Schacht haben sich die Schlote von unten nach oben gebildet. Fledermäuse benutzen die Schlote als Ein- und Ausgänge.